高新技術企業是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續進行研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內（不包括港、澳、臺地區）注冊一年以上的居民企業。
新辦法降低高新技術企業準入門檻的同時，加強了監管力度，對于企業而言，由于受研發項目、技術產品（服務）先進性、財稅核算基礎以及內部監管體系等諸多因素影響，可能導致高新技術企業資格認定被拒、補繳稅款及取消資格的風險。
 

（一） 研發項目不合規導致資格認定無法通過的風險。

目前，新辦法配套的工作指引尚未出臺，原高新技術認定辦法的工作指引《國科發（2008）362號》（以下簡稱362號文）對研發活動、研發項目的確認以及其他指標如核心自主知識產權、科研人員、銷售收入等有著明確嚴格的規定。

一般來說，新辦法的工作指引變化不會太大。參照原辦法的工作指引，如果企業申請資格認定時，研發活動不是國家重點支持的高新技術領域內，或者其他內容任何一項指標不達標，都有可能面臨著高新資格認定未通過的風險。

（二） 指標核算口徑不規范引發監管風險。

企業對高新認定各項指標理解各異，指標計算容易出現偏差，導致各項指標不能準確反映高新技術企業的研發收入及費用比例狀況。

如新辦法第六條規定：近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%。根據國家稅務總局關于發布《中華人民共和國企業所得稅年度納稅申報表（A類，2014年版）》的公告、國家稅務總局公告2014年第63號（以下簡稱63號公告）中的A107041《高新技術企業優惠情況及明細表》填報說明規定：企業同期總收入應為為稅法第六條規定的收入總額。包括：銷售貨物收入，提供勞務收入，轉讓財產收入，股息、紅利等權益性投資收益，利息收入，租金收入，特許權使用費收入，接受捐贈收入，其他收入。但部分企業認為總收入僅為主營業務收入和其他業務收入之和，直接導致的后果就是收入比例計算虛高，雖順利通過了高新資格認定，未來也面臨著嚴格的高新技術企業復核和稽查風險。

（三） 研發支出加計扣除依據不足存在補繳稅款風險。

財政部、國家稅務總局《關于完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅（2015）119號文，以下簡稱119號文）及國家稅務總局《關于企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第97號，以下簡稱97號公告）中明確規定了可加計扣除的研發費用。但仍有企業由于不熟悉政策，存在研發支出歸集不合理，加計扣除依據不足的現象。如97號公告規定，企業從事研發活動的人員和用于研發活動的儀器、設備、無形資產，同時從事或用于非研發活動的，應對其人員活動及儀器設備、無形資產使用情況做必要記錄，并將其實際發生的相關費用按實際工時占比等合理方法在研發費用和生產經營費用間分配，未分配的不得加計扣除。實踐中企業自由調整空間較大，一旦被稽查機關認定共用儀器設備或無形資產分配方法不合理或扣除依據不足，則可能面臨補繳稅款及滯納金的風險。

（四） 備案程序不合規或被取消高新技術企業資格。

新辦法規定企業獲得高新技術企業資格后，應每年4月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表，同時規定累計兩年未填報年度發展情況報表的將被取消高新技術企業資格，因此企業在取得高新技術企業資格之后，應于每年4月底及時在網上填報年度發展情況表，否則超過兩年未填報就會被取消高新技術企業資格。


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