中國部分企業在兩化融合管理體系發展中主要暴露了以下四點不足之處：

a.裝備化基礎薄弱，主要體現為設備自動化、信息化平均水平低，設計、工藝、制造、管理等知識經驗沉淀不足，現代研發、生產、管理的裝備化還未實現;

b.流程管理缺位，主要體現為流程管理的理念文化缺失，流程動態信息難以采集，流程的固化都較難實現;

c.企業管理與信息化兩張皮，主要體現為舊管理體制、思維和模式難以支撐信息化務實推進和成效發揮;

d.兩化融合環境下的企業關鍵能力不足，主要體現為管理基礎薄弱，兩化融合總體處于單項覆蓋向集成提升過渡階段，難以從企業可持續發展的全局層面，按照戰略和競爭優勢的需求快速形成信息化環境下的新型能力。

在我國企業實際推進兩化融合過程中，雖然可以應用信息技術有力地推動企業兩化融合工作的進程，但是在該過程中企業也面臨著不少問題和困擾，這些問題集中體現在以下五點：

a.混淆兩化融合和信息化建設兩個概念，主要體現為部分企業認為兩化融合就是進行信息化建設，然而兩化融合強調的是企業對自身發展目標及其實現途徑的認識和實現，企業要關注的不僅僅是如何應用信息技術的技術問題，更多的應該是提高認識、系統推進、科學評價等管理問題;

b.企業兩化融合戰略和業務規劃不能匹配一致，主要體現為部分企業制定了兩化融合戰略規劃，但在實際工作中，企業各部門在制定具體的業務規劃時，與兩化融合戰略基本不匹配，各行其道，導致兩化融合的預期作用不能充分發揮;

c.兩化融合的投資績效不明顯，主要體現為部分企業缺乏體系化的兩化融合以及信息化投資績效的管理方法，導致企業投入了大量資源，包括人力、物力和財力等，卻很難從自身的經營業績中體現出這些投入的投資績效;

d.信息化成本和進度控制困難，應用效率不高，主要體現為部分企業對IT項目的管理能力成熟度低，導致項目超出預算、超出實施周期的現象較多，帶來了極大的投資風險，同時，企業在兩化融合工作過程中，缺乏整體意識，只重視前期的信息系統建設，而在后期的系統運營維護階段投入力度不足，導致信息系統的有效應用難以得到保證，導致應用效率不高;

e.信息安全面臨巨大挑戰，主要體現為部分企業在兩化融合過程中，缺乏滿足兩化融合工作目標和要求的信息安全管理手段，雖然使用了一些信息安全管理技術，但企業仍然面臨著數據丟失或篡改、信息泄露等一系列信息安全問題。

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